El juego se desarrolla por turnos, comenzando por escoger un número de turnos máximo a jugar. Antes de una batalla se ha de acordar el tamaño de cada ejército, que se especifica en puntos para equilibrar fuerzas. Una batalla usual de 2000 - 3000 puntos con jugadores entrenados y juego fluido puede durar una tarde, con unos cinco turnos. En cada turno se dispone de un subturno para cada jugador, en el cual este debe seguir, en orden, una serie de pasos definidos para controlar su ejército. En primer lugar se mueven las tropas del ejército que juega, tras lo cual se efectúan los disparos pertinentes y se realizan combates cuerpo a cuerpo. El juego continúa hasta que se acaban los turnos acordados o se alcance un objetivo, según especifique el escenario jugado. Desde una perspectiva temporal, las reglas de Warhammer 40.000 han sufrido una importante transformación a lo largo del tiempo. La primera edición, conocida popularmente como rogue trader, era un juego de escaramuzas donde los ejércitos rara vez contaban con más de 16 miniaturas. En esa época, la hoy tan expandida y desarrollada parafernalia del juego, funcionaba con tal precariedad, que dada la escasez de vehículos en miniatura, existía un sistema de creación de vehículos propios. Las miniaturas de cada raza no tenían equipamiento muy bien diferenciado, en el sentido de que muchos elementos, como armas o específicamente motocicletas a reacción podían ser utilizados por más de una raza (como los eldar y los marines). La segunda edición, aumentaba el tamaño del juego a lo que se podría llamar nivel de compañía de tropas, aunque, sin embargo, un ejército de marines de 1.500 puntos era muy pequeño, y el juego tendía a favorecer a los personajes y poderes psíquicos (gracias a las reglas establecidas en el suplemento Milenio siniestro). En esta edición, es también destacable la aparición de los codex especializados en los ejércitos de las distintas razas. La tercera edición, supone el paso a un verdadero nivel de ejército y la vuelta a miniaturas de plástico multicomponente como tropa básica. La nueva edición, permitía disponer de un mayor número de tropas y un juego más rápido y dinámico (aunque muchos se quejaron de la pérdida de poder de los personajes y vehículos), así como de miles de nuevas miniaturas y esquemas de pintado más realistas y uniformes. La cuarta edición continúa en la línea de la anterior. En la transición, se habían incluido conceptos como el combate urbano y se habían revisado ejércitos como los tiranidos y los marines de ambos bandos, agregando nuevos capítulos y y manteniendo los clásicos pre-existentes (como los caballeros grises).